Una reciente restauración le ha devuelto la grandiosidad que los gremios y los artesanos del siglo XVI buscaban, al patrocinar su construcción. Su magnificencia es un claro exponente de la riqueza y poder que llegaron a alcanzar estos gremios profesionales.

Construida en traza herreriana por el arquitecto Felipe de la Cajiga, conserva su espléndido retablo mayor barroco del siglo XVI.

Existe un proyecto para convertir esta iglesia en un museo de arte sacro. Para ello, se han trasladado desde la iglesia de San Francisco dos conjuntos escultóricos de San Jerónimo y San Sebastián realizados por Juan de Juni.